V prvním roce války proti SSSR sehrávali jak banderovci, tak melnikovci úlohu pilíře fašistické okupační moci na území Ukrajiny a Polska. Když poznali věrolomnost fašistů, kteří uvěznili i mnoho jejich přestavitelů, včetně Bandery, došli k názoru, že pokud chtějí vybudovat samostatnou Ukrajinu, musí se především spoléhat sami na sebe. Bandera byl zpočátku vězněn v berlínské věznici a posléze pobýval jako prominentní vězeň v KT Sachsenhausen a dále v Oranienburgu, odkud byl propuštěn až koncem září 1944.

V době jeho nepřítomnosti převzal řízení OUN–B jeho dlouholetý spolubojovník Roman Šuchevič, který na přelomu let 1942–1943 reorganizoval dosud rozptýlené banderovské, melnikovské a další nacionalistické jednotky, např. početné útvary ukrajinské milice vedené Tarasem Bulbou – Borovcem apod. Tyto dosud rozptýlené jednotky koncentroval pod jednotné vedení a velení. Z rozhodnutí vedení OUN–B byl Šuchevič jmenován vrchním velitelem nově se tvořící UPA. Byl bezesporu schopným organizátorem, kterému se podařilo v letech 1943–1946 shromáždit bojeschopnou armádu v počtu 70 až 100 tisíc aktivních bojovníků. Přesné údaje o skutečném počtu bojovníků UPA neexistují.

Byl také jedním z veteránů OUN, kde působil od roku 1923, kdy mu tehdy bylo pouhých 16 let. Již ve druhé polovině 20. let se zúčastňoval různých teroristických akcí proti význačným polským politikům. V roce 1929 byl jmenován hlavním referentem pro vojenské záležitosti v exekutivě OUN. V letech 1933–1934 prodělal v Německu tvrdý výcvik u jednotek Abwehru. Na přelomu let 1938–1939 se stal velitelem sičovců na Karpatské Ukrajině. Později byl vedoucím důstojníkem praporu SS „Nachtigal“. V několikatýdenní vládě Jaroslava Stecka zastával funkci náměstka ministerstva vojenství. Vedle funkce vrchního velitele UPA, zároveň vykonával funkci šéfa generálního sekretariátu Ukrajinské hlavní osvobozenecké rady.

Jako své nejbližší spolupracovníky i velitele podřízených jednotek si vybral zkušené a v praxi osvědčené profesionály, kteří jako on prošli tvrdým výcvikem u Abwehru, jednotek SS, ukrajinského legionu i ve velitelských funkcích ukrajinské policie. Do jednotek UPA se postupně včleňovali i příslušníci rozbitých útvarů WH i SS, kteří nestačili včas ustoupit.

Jednotky UPA se v letech 1943–1946 staly doslova „cizineckou legií“, v jejichž řadách bojovali příslušníci mnoha evropských i některých asijských národů. UPA se tak stala mnohonárodnostní armádou, ve které mimo Ukrajinců bojovalo mnoho dalších národů (Němců, Poláků, Maďarů, Bělorusu, Litevců, Lotyšů, Estonců, Rumunů, Italů, Slováků, Uzbeků, Gruzínců a dalších). Mnoho Němců zastávalo i nižší velitelské funkce, včetně poradců vyšších velitelů. Mezi nimi byli též vojenští lékaři a další specialisté. Každý příslušník UPA se musel podrobit velmi tvrdé kázni a disciplině, složit přísahu věrnosti a dodržovat režim, který byl u dřívějších jednotek UPA nemyslitelný. Mimo jiné nesměli používat svá vlastní jména. Mohli si vybrat svá „pseuda“, pod kterými byli u svých jednotek oficiálně vedeni a nimiž pak vystupovali. V době, kdy se začala transformovat UPA, docházelo k obratu v průběhu druhé světové války. Především po zdrcující porážce u Stalingradu a dalších ofenzivách RA v roce 1943 si začínali vedoucí činitelé OUN a UPA uvědomovat, že fašistické Německo bude na straně poražených.

Proto mění dosavadní koncepci spolupráce s německými okupanty a vyhlašuje boj „za osvobození Ukrajiny“ proti všem jeho nepřátelům, mezi něž mimo SSSR zahrnují i Německo, včetně jeho vojenských a policejních sil nacházejících se na ukrajinském území. Prakticky již na přelomu 1942–1943 se jednotky UPA dostávaly do ozbrojených střetů nejen se sílícím partyzánským protifašistickým hnutím ukrajinských komunistů, ale i s méně početnými německými jednotkami. Těžiště jejich činnosti bylo zaměřeno na ovládnutí těch oblastí, kde tyto velmi početné jednotky UPA operovaly. Od civilního obyvatelstva si vynucovali bezpodmínečnou poslušnost a úzkou spolupráci, včetně povinnosti dodávek potravin. Po přechodu fronty, kdy fašistická vojska byla v průběhu let 1943–1944 postupně vytlačována z ukrajinského území, rozpoutali banderovci rozsáhlou partyzánskou válku proti jednotkám RA i Ukrajincům, kteří se angažovali při obnově sovětského zřízení. V letech 1943–1945 jednotky UPA aktivně působily především v oblasti Haliče, Polesí a Volyně.

Z iniciativy OUN–UPA se ve dnech 21. a 22.11.1943 konala 1. konference podmaněných národů východní Evropy a Asie, která vyzvala k vytvoření jednotné fronty za národní osvobození od stalinského a hitlerovského imperialismu. Vedení UPA se tak prezentovalo, že právě v jejich organizaci jsou shromážděny národy a národnosti těchto oblastí. Proto, že se armáda UPA stává předvojem v tomto gigantickém střetnutí, stává se samozřejmým cílem i vznik velké a nezávislé Ukrajiny.

Velení UPA si vyhledalo jako svůj hlavní operační a výcvikový prostor jihovýchodní oblasti polských Beskyd, které tvoří souvislé pásy lesů, pohoří a polonin, kde jsou četné prameny i hluboká údolí. To všechno kdysi bývalo přírodním domovem pro početné tlupy lupičů, zbojníků a vojenských zběhů. Proto ještě v průběhu válečných operací rozhodl vrchní velitel UPA Šuchevič, který tento prostor důkladně znal, že bude skýtat ideální podmínky pro další činnost UPA. V letech 1943–1945 zde byly vybudovány četné skrýše, kryty, sklady potravin, zbraní, střeliva a léčiv. V masivu hustých neproniknutelných lesů byly vybudovány pracovny štábů různých jednotek i ubytovny pro bojovníky UPA, dále polní nemocnice, ukryté a dokonale zamaskované v podzemí. V tomto lesnatém a hornatém masivu se prováděly transformace a reorganizace jednotek UPA. Tvrdým a intenzivním výcvikem byly připravovány na diverzní a záškodnické akce a výpady do sousedních států. Tento prostor plně skýtal ideální podmínky pro nasazování velkých jednotek UDA směrem na východ, západ a jih, neb tvořil pomezí Polska, předválečné ČSR a USSR. Především pak v letech 1945–1947 se tato oblast stala hlavní základnou operační skupiny UPA–Západ.